Im Jahr 2003 wurde der Vereinsvorstand von der Mitgliederversammlung entsprechend der Vorschläge des scheidenden Vorstandes komplett neu gewählt. Er setzte sich nunmehr aus Prof. Dr. J. F. Löhr (Vorsitzender), Dr. Christian Friesecke, PD Dr. Alexander Katzer und Dr. Roland Sellckau zusammen.
Nach dem Verkauf der ENDO-Klinik an die Damp-Gruppe konnte die Klinik als wirtschaftlich arbeitende Institution nicht mehr Förderobjekt des Gemeinnützigen Vereins ENDO-Klinik e. V. sein. Im Jahr 2002 wurde die ENDO-Stiftung – Stiftung des Gemeinnützigen Vereins ENDO-Klinik e. V. gegründet.
Stiftungszweck ist die Förderung wissenschaftlicher Forschung und Studien im Bereich der Erkrankungen und Fehlentwicklungen des menschlichen Stütz- und Bewegungsapparates sowie die Errichtung und der Betrieb gemeinnütziger Einrichtungen für den Bereich der Heilung und der Pflege von Erkrankungen des menschlichen Stütz- und Bewegungsapparates.
Auf der Mitgliederversammlung im Jahr 2004 wurde die ENDO-Stiftung als Förderobjekt in die Satzung des Vereins aufgenommen. Zu diesem Zweck hat der Verein Anfang 2006 sein Vermögen auf die Stiftung übertragen, die ihrerseits die bisher vom Verein eingegangenen Verpflichtungen aus zugesagten Fördermaßnahmen übernommen hat.
Auf der Mitgliederversammlung 2006 wurden Dr. Lars Frommelt, Dr. Nicolaus Siemssen und Hr. Dipl.-Kfm. Jürgen Stenwedel in den Vorstand gewählt. Sie ersetzen Dr. Roland Sellckau, der bereits im Jahr 2004 ausgeschieden war und PD Dr. Alexander Katzer, der 2006 ausschied. Durch die Neuwahl von drei Vorstandsmitgliedern wuchs der Vorstand nunmehr auf insgesamt fünf Mitglieder an. Prof. Dr. J. F. Löhr und Dr. Christian Friesecke wurden 2007 nach Ablauf ihrer vierjährigen Amtszeit für eine weitere Legislaturperiode im Amt bestätigt.
Die enge Zusammenarbeit zwischen beiden Institutionen auf dem Gebiet der Forschungsförderung wurde endgültig auf der Mitgliederversammlung im November 2007 manifestiert durch die Namenänderung in ENDO-Verein – Gemeinnütziger Förderverein ENDO-Stiftung e. V.
Auf der Mitgliederversammlung 2008 haben die langjährigen Vorstandsmitglieder Herr Prof. J. F. Löhr (Vorsitzender) und Herr Dipl.-Kfm. Jürgen Stenwedel ihr Ausscheiden aus diesem Gremium bekanntgegeben. Zum neuen Vorsitzenden hat der Vorstand Herrn Dr. med. Christian Friesecke bestimmt.
Einem Vorschlag des Vorstands folgend hat die Versammlung Herrn Dr. jur. Jasper Neuling, Rechtsanwalt und Steuerberater, als neues Mitglied in den Vorstand gewählt. Der Vorstand besteht nunmehr aus 4 Mitgliedern.
Auch in der Zukunft wird der ENDO-Verein einen ganz wesentlichen Beitrag zur Förderung wissenschaftlicher Projekte durch die Stiftung leisten. Im Rahmen der jährlichen Spendenaktionen werden von Mitgliedern und Spendern Mittel aufgebracht, die umfangreiche und wichtige Grundlagenforschung zu jeweils spezifischen Bereichen der Endoprothetik ermöglichen, für die in der heutigen wissenschaftlichen Landschaft die öffentlichen Ressourcen oftmals nicht ausreichen.